El puerto fue construido con una posición de atraque para cruceros y una terminal para transbordadores, para 1987 se dejó de prestar este servicio; en 1966 se construyó el Muelle 2 para cruceros de 250m de eslora y el 2007 se terminó la construcción de dos nuevos muelles y la demolición del antiguo Muelle 2.
Con lo que, hoy día, Puerto Vallarta cuenta con tres posiciones de atraque para atender en forma simultánea 3 cruceros de las más altas especificaciones.
La vocación natural de Puerto Vallarta es turística, por lo que cuenta con infraestructura portuaria y servicios especializados, directamente relacionados con el transporte de pasajeros vía marítima y con la industria turística.
Puerto Vallarta atiende tres líneas de negocio:
Cruceros: es la principal línea de negocio de Vallarta, el cual forma parte, como puerto de escala, de la ruta de la Riviera Mexicana, integrada por el puerto de Cabo San Lucas, en el estado de Baja California Sur, el de Mazatlán, Sinaloa, y el propio Puerto Vallarta. Esta ruta consiste en itinerarios de cruceros de 7 días, que provienen de los puertos estadounidenses de Los Ángeles, Long Beach y San Diego, California, los cuales operan como home ports, principalmente para cruceristas de Estados Unidos, a los que se agregan, en menor cantidad, turistas de otros países de América, Europa y Asia. Ocasionalmente, Puerto Vallarta atiende cruceros que se derivan de otras rutas, como la ruta mundial. En el litoral mexicano del Océano Pacífico, Puerto Vallarta se ubica como el tercer puerto, después de Ensenada, Baja California y Los Cabos en Baja California Sur, con mayor número de pasajeros atendidos, ya que durante el año 2014, recibió a más de 240 mil cruceristas.
Turismo de cabotaje: en la Bahía de Banderas, Jalisco, en la que está enclavado el recinto portuario de Vallarta, se desarrollan profusamente actividades de turismo con desplazamiento en embarcaciones de bandera mexicana, como paseos en lancha, buceo, sky acuático, snorkel, paracaidismo, entre otras. En esta línea de negocios, Puerto Vallarta atiende al año a más de 525 mil turistas, los cuales son de origen local, nacional e internacional, quienes se embarcan y desembarcan en los muelles especializados de Puerto Vallarta.
Marinas turísticas: en el puerto operan tres marinas turísticas que atienden a embarcaciones de recreo y pesca deportiva, nacionales y extranjeras, provenientes principalmente del mercado turístico regional y de la costa oeste de Estados Unidos. El puerto tiene 524 slips para este tipo de embarcaciones, los cuales están ocupados de manera permanente.
Por sus características de nodo intermodal turístico, Puerto Vallarta ofrece dentro de su recinto portuario diversos servicios conexos, relacionados con alimentación, artesanías, información, transportación terrestre, cultura y recreación.